隨著生物柴油混合物含量的增加，發動機中出現問題的風險也會增加。

在使用生物柴油混合物（最高達到B20）時，必須考慮以下幾點：

• 寒冷的天氣退化

• 穩定性和儲存問題（吸濕，氧化，微生物生長）

• 可能的過濾器限制和堵塞（通常是在二手發動機上首次切換到生物柴油時出現的問題）

• 密封件和軟管可能會漏油

• 可能會縮短發動機組件的使用壽命

除了上面列出的那些因素外，使用高于B20的生物柴油混合物時還必須考慮以下因素：

• 如果不使用經約翰迪爾認可的含有清潔劑/分散劑添加劑的燃油調節劑，可能的焦化和/或噴嘴堵塞，從而導致功率損失和發動機失火

• 可能的曲軸箱油稀釋，需要更頻繁的換油

• 燃油噴射設備的潛在腐蝕

• 可能會上漆和/或卡住內部組件

• 可能形成淤泥和沉積物

• 高溫下燃料可能發生熱氧化

• 彈性體密封件和墊片材料可能會降解（主要是舊發動機出現的問題）

• 與燃料處理，分配和存儲設備中使用的其他材料（包括銅，鉛，鋅，錫，黃銅和青銅）的可能存在兼容性問題

• 可能降低水分離器效率

• 燃油系統中潛在的高酸水平

• 如果暴露于生物柴油，可能會損壞油漆

• 由于高于B20的生物柴油混合物中含有更多的灰分，因此使用高于B20的混合物會導致更快的灰分裝載，并且需要更頻繁地清潔廢氣過濾器（如果有）